Chuẩn bị mẫu mô là bước quyết định đảm bảo hình thái của tế bào, cấu trúc mô và epitope đích của kháng nguyên. Điều này đòi hỏi quá trình thu thập mô, cố định và cắt mô thích hợp. Dung dịch paraformaldehyde thường được sử dụng để cố định mô, nhưng vẫn còn những phương pháp khác nữa. 

Chuẩn bị tiêu bản

Mô có thể được cắt mỏng hoặc sử dụng toàn bộ phụ thuộc vào mục đích của thí nghiệm hoặc chính mô đó. Trước khi cắt, mô có thể được ngâm trong môi trường nến hoặc cryomedia. Mô có thể được cắt bởi nhiều thiết bị khác nhau mà phổ biến là máy vi phẫu, máy cắt lạnh hoặc máy cắt tiêu bản. Tiêu bản thường dày từ 3 µm-5 μm. Những tiêu bản này được làm khô bằng cách dùng alcohol tăng dần nồng độ (50%, 75%, 90%, 95%, 100%), và làm sạch bằng xylene trước khi đưa lên kính hiển vi.

Tùy thuộc vào phương pháp cố định và bảo quản mô mà tiêu bản có thể cần thêm nhiều bước để các epitope bộc lộ cho kháng thể bám vào bao gồm deparaffinization và phục hồi kháng nguyên. Với những mô đúc nến, bước phục hồi kháng nguyên là rất cần thiết và được thực hiện bằng nhiệt hoặc dùng protease. [3][4] Những bước này có thể tạo ra sự khác biệt giữa những kháng nguyên được nhuộm hoặc không được nhuộm.